近年来，学校高度重视科研工作，把科研工作作为学校中心工作之一，不断加大投入，加强队伍建设、条件建设，在科研项目、科研成果、“2011协同创新中心”、学术交流等方面都取得了一系列新突破、新进展。主要体现在：
一、科研项目取得新突破。“十二五”以来学校共中标各级各类课题1405项，实现在国家科技支撑计划项目、公益性行业科研专项、国家自然科学基金重点项目、海峡联合基金项目和973项目的“零”突破。2013年由陈立典校长任项目首席责任专家的“功能障碍的中医康复临床规范和评价研究”项目，是国家在康复医学领域首次设立的国家科技支撑计划项目，也是福建省卫生领域获得立项的第一个国家科技支撑计划项目。
二、科学研究取得新成果。2011年至今学校共获各级各类奖项82项，其中福建省科学技术奖11项、国家级行业奖18项（其中1项获2012年度中华中医药学会科学技术奖一等奖）。发表各类论文2347篇，其中SCI 184篇，EI 4篇。主编或参编著作共210部。申请专利56件，获授权50件(其中发明专利25件)。
三、科研平台快速提升。近年学校加大对药学、中医康复、中西医结合等重点学科创新平台建设的力度，大力推进学科的交叉渗透，学校现有各类科研平台36个，其中国家教育部省部共建重点实验室1个（中医骨伤及运动康复实验室），国家中医药管理局批准建立的中医药科研三级实验室8个，国家中医药管理局中医药文献检索中心1个，国家中医药管理局中医康复研究中心1个，省科技厅、经贸委、发改委等部门批准建立的各类科研平台、基地及工程技术研究中心13个，省卫生厅、教育厅等部门批准建立的厅级各类科研平台12个。
其中，2011-2013年新增国家教育部省部共建重点实验室1个（中医骨伤及运动康复实验室），国家中医药管理局中医康复研究中心1个（中医康复研究中心），省发改委工程技术研究中心1个（福建省康复技术工程研究中心），省科技厅重点实验室3个（福建省中药学重点实验室、福建省中医健康辨识重点实验室、福建省中西医结合肾脏病重点实验室）。2013年1月，国家中医药管理局中医康复研究中心落户我校，目前该中心正逐渐成为面向全国开放的中医康复理论与技术研究、诊疗设备研发及中医康复技术领域高级人才培养基地。
四、科技协同创新积极推进。为加快科技创新体系建设，积极推进康复技术研究领域的协同创新，由我校牵头，联合瑞士莱茵菲尔登康复医院、复旦大学附属华山医院、博奥生物有限公司、福建省闽东力捷迅药业有限公司、福建南海岸生物工程股份有限公司等单位，共同组建康复技术协同创新中心。中心紧紧围绕我国人民群众在康复医疗方面的重大需求，以机制体制改革为重点，以创新能力提升为突破口，整合协同单位在学科、人才、科研等方面的优势资源。经过前期培育，确立了认知功能障碍康复研究、肢体运动功能障碍康复研究2个主攻方向，建立了中心组织管理体系，在人才培养、队伍建设、科技创新等方面取得了明显成效。目前，康复技术协同创新中心已经通过福建省省级“2011协同创新中心”评估。
五、学术交流日益活跃。为弘扬中医药文化，追踪科技前沿信息，从2006年起学校就开设“旗山讲坛”，陆续聘请了陈可冀、陈凯先院士等国内外著名专家学者到“旗山讲坛”进行学术专题报。2013-2014学年科研处共组织协调了11场大中型学术交流会议，如2014年4月举办了“2014年旗山讲坛--院士行”学术报告会，会议共邀请了4位院士参加。同时，科研处还根据专家学者的讲话录音，编辑出版了《旗山讲坛》共五辑，现准备出版第六辑，它的编纂出版为我校学术繁荣、促进学科发展、人才成长和科技进步起到积极的作用。