一、科研项目
1.发挥高校科研优势，积极申报各级科研课题。以各级科研课题为抓手，深度开展中医中药相关基础研究及创新中药研发，推动促进中医中药传承创新发展。2019年以来，学校共承担各级各类纵向科研课题3282余项，资助经费约3.8亿元，其中国家重点研发计划项目、国家自然科学基金项目及国家社会科学基金等项目172项，资助经费1.5亿元；省级课题722项，资助经费约1.1亿元。
2.立足国家战略需求，承担国家重点研发计划项目。国家重点研发计划是目前最高级别的研发项目之一，针对事关国计民生的重大社会公益性研究，以及事关产业核心竞争力、整体自主创新能力和国家安全的重大科学技术问题，突破国民经济和社会发展主要领域的技术瓶颈。2019年以来，我校共主持国家科技部重点研发计划“中医药现代化”研究专项项目4项，资助经费约6千万元。
3.强化基础研究，持续做好国家自然科学基金项目申报工作。2019年以来，全校共中标国家自然科学基金项目162项，总资助经费8836.6万元。其中，重点项目1项，资助经费357.6万元；联合基金项目3项，总资助经费924万元；面上项目88项，总资助经费5524.3万元；青年科学基金项目69项，总资助经费2011.2万元；专项项目1项，资助经费19.5万元。
4.完善校管课题专项资助体系，扎实推进有组织、有规划、有布局的科学研究。
⑴设立“源于中医临床问题”科研专项，注重“解决真问题，真解决问题”，立项校管“基础与临床联合研究”专项2项，资助经费40万元。
⑵设立“青年科技创新人才”专项项目，以培养国家级青年人才为导向，重在加强中医药人才培养；2022年以来，共立项青年科技创新人才项目14项，资助经费共计1951万元。其中，“青苗科研人才”项目4项，资助经费161万元 ；“青年科研拔尖人才”项目7项，资助经费1290万元；“青年科研创新团队”项目3项，资助经费500万元。
⑶设立“揭榜挂帅”重大专项，重在突破标志性成果，赋能中医药的高质量发展，立项校管“揭榜挂帅”专项项目10项，资助经费900万元。
5.注重挖掘两岸道地药材、民间特色疗法，做好传承、创新、发展。
⑴设立省民间中医药学术传承专项，共资助25项，总资助经费75万元。
⑵设立“民国时期闽台中医教育研究”重大专项，共资助5项，总资助经费20万元。
⑶设立闽台中医药文化研究专项，共资助5项，总资助经费26万元。
二、科研成果
1.科研奖励
2014年以来，我校获得各级各类奖励261项，其中国家科学技术进步奖二等奖1项，省部级科学技术奖118项（其中：一等奖25项，二等奖43项，三等奖49项，优秀奖1项），其他各类奖励142项。
国家科学技术进步奖二等奖：“脑卒中后功能障碍中西医结合康复关键技术及临床应用”。项目组围绕脑卒中后功能障碍康复开展系统研究，传承创新性地提出了中医整体功能观的康复思想，创建了脑卒中后功能障碍的定量评估和结局评价体系，自主研发了上肢、站立、步态训练康复机器人等系列康复设备及评估系统，创新了康复训练模式，确立了功能障碍的针刺康复共性技术。成果在国内各级医院、社区推广应用，被写入美国脑卒中康复指南、加拿大循证指南、中西医结合诊治指南等，推动了我国康复医学学科和康复产业的发展。
2.科研论文
2021年以来，我校教师发表各类论文4508篇，其中被JCR Q1 区收录250篇，影响因子（IF）10分以上期刊收录论文20篇。
影响因子20分以上期刊收录论文共3篇：
一是CNS子刊收录1篇，为我校药学院林婉真副教授联合复旦大学陈芬儿院士、福州大学陈发杰副教授在顶级期刊Nature Reviews Chemistry （Q1，影响因子 36）上发表的题为“Non-symmetric stapling of native peptides”的综述文章；
二是2023年8月我校药学院林彦翔副教授联合其导师中国科学院植物研究所王印政研究员团队，发现了一种全新的细胞类型——收缩细胞（contractile cells），它不同于植物的其他细胞，但与动物和人类中控制运动的心肌和骨骼肌细胞极为类似，并具有特异基因组组成。该研究成果发表于National Science Review (IF=20.7)，全球综合性期刊排名第4（仅次于Nature、Science、Nature Human Behaviour），为中国科技期刊卓越行动计划领军期刊、中国科学院1区TOP期刊；
三是2023年12月我校朱伟东、陈立典、彭军及任丹妮作为共同通讯作者在心血管领域知名杂志European Heart Journal（IF=39）在线发表题为“Inhibition of a novel Dickkopf-1-LDL receptor-related proteins 5 and 6 axis prevents diabetic cardiomyopathy in mice”的研究论文，该研究发现抑制新型 Dickkopf-1-LDL 受体相关蛋白5和6轴可预防小鼠糖尿病性心肌病。
3.专利
2021年以来，我校师生共申请专利426件（其中发明专利165件），授权专利438件（其中发明专利111件）。（以上数据截止于2024年10月）